Isikuandmete säilitamisel lahknevad andmekaitse ja avatud teaduse põhimõtted mõnevõrra. Minimaalsus- ja säilitamispiirangu põhimõte eeldavad, et isikuandmeid tuleb töödelda nii lühikest aega kui võimalik ning pärast eesmärkide täitmist tuleks andmed kustutada või anonüümida. Kuid avatud teaduse huvides on tagada juurdepääs teadusandmetele võimalikult kaua, vähemalt seni, kuni need on teadlastele või ühiskonnale väärtuslikud. Kuna teaduse seisukohast on oluline uurida ka ajaloolisi sündmusi ja arengusuundmusi, võrrelda varasemaid nähtusi tänapäevastega või mõista üldisemalt protsesside kulgu, siis ei saa määrata ühest tähtaega, misjärel andmed oma teadusliku väärtuse kaotavad.
Üldmääruse artikli 5 lg 1 p e kohaselt võib isikuandmeid isikustatud kujul säilitada esialgse eesmärgi täitmisest kauem, kui seda tehakse üksnes teadusuuringute eesmärgil ja sealjuures rakendatakse tehnilisi ja korralduslikke meetmeid inimeste eraelu kaitsmiseks. Seega pakub üldmäärus teadustööga seotud isikuandmete säilitamisel suuremat paindlikkust. Samas rõhutab Euroopa Andmekaitseinspektor esialgses arvamuses andmekaitse ja teadusuuringute kohta (lk 18), et seda erandit ei tohi kasutada viisil, mis õõnestaks andmekaitse üldisi eesmärke. Näiteks kuritarvitatakse teadustööga kaasnevaid privileege, kui isikuandmeid säilitatakse tähtajatult (säilitamispiirangu erand) ja samal ajal piiratakse isikute õigusi enda teabe suhtes (andmesubjektide õiguste erandid). Teadustööga seotud erandile saab seepärast toetuda vaid juhul, kui isikuandmete jätkuv säilitamine on õiguspärane, vajalik ja proportsionaalne.
Et isikuandmeid saaks algse eesmärgi täitmisest kauem säilitada, tuleb seega täita järgmisi tingimusi.
- Üksnes teadustöö eesmärgil: erandi andmisel on silmas peetud vaid teadustöö vajadusi ning seda ei tohiks kasutada isikuandmete piiramatuks säilitamiseks muudel eesmärkidel, mis on eraviisilist või ärilist laadi. Erand on tehtud ka avalikes huvides toimuva arhiveerimise ning statistika korral, mistõttu võib kauem säilitada ka isikuandmeid, mis on arhiiviväärtuslikud või olulised statistika tegemiseks. Selge piiri tõmbamine teaduse, arhiveerimise ja statistika vahele ei ole alati lihtne, nii et teadustööd võivad puudutada mõlemad erandid.
- Tehnilised ja korralduslikud meetmed: pikem säilitamine eeldab isikuandmete turvalist talletamist. Kui teadusuuringu tegemise ajal on oluline andmete käideldavus, siis säilitamise ajal väheneb käideldavuse olulisus ja kaaluda võib turvalisemaid talletamislahendusi. Näiteks võib piirata töörühma liikmete ligipääsu isikuandmetele.
- Kaaluma peaks andmete anonüümimist. Anonüümitud andmeid võib säilitada tähtajatult ja jagada ka avaandmete repositooriumis. Säilitamise eesmärgil anonüümimine tuleks siiski juba varakult kokku leppida ja see kavatsus tuleb selgelt kirja panna nii andmehaldusplaani kui ka teadusuuringus osalejatele antavasse teabesse. Kui anonüümine pole võimalik, tuleks isikuandmed pseudonüümida, aga sellisel juhul kohaldub sellele üldmäärus.
- Säilitama peaks vaid väärtuslikud andmed. Andmete säilitamisel tuleb järgida minimaalsuspõhimõtet, st alles tuleb jätta vaid kõige olulisemad andmed, mille pikaaegne hoidmine isikustatud kujul on vajalik ja põhjendatud. Kuna teadustöö suhtes kohalduv erand eeldab niikuinii eri huvide ja vajaduste tasakaalustamist, võib abiks olla see, kui piiritleda andmestiku sees säilitamist vajavad andmed, mis on kas suure pikaaegse teadusliku väärtusega või vajalikud tulemuste valideerimiseks. Igaks juhuks säilitamine ei ole üldmääruse kohaselt lubatud.
- Säilitamine peab olema läbipaistev ja õiglane. Isikuandmete säilitamise erandile toetumine peaks olema teada juba teadusuuringut kavandades. Läbipaistev ja õiglane ei ole see, kui alles teadusuuringu lõppedes otsustatakse teadusrühmas teatud isikuandmeid kauem säilitada. Kinni tuleb pidada ka andmesubjektile antud lubadustest: kui talle on öeldud, et andmed pärast uuringu lõppu hävitatakse, ei ole lubatud neid alles hoida. Keeruline on olukord siis, kui teadustöö tegemise käigus selgub, et kogutud andmed on oodatust palju väärtuslikumad, kuid plaanitud on kõik andmed hävitada. Isikuandmete edasine kasutus uutes teadusuuringutes ning pikem säilitamine on üldmääruse kohaselt küll võimalik, kuid algse otsuse muutmine peab olema inimeste jaoks õiglane ja läbipaistev.
- Võimaluse korral tuleks käsitada isikuandmete säilitamist eraldi eesmärgina. Sel juhul tuleb leida uuele eesmärgile sobiv õiguslik alus.