Õppetöö toimub ainesüsteemis või kursusesüsteemis.
Ainesüsteemi alusel õppides on õigus mooduleid ja õppeaineid valida vabas järjekorras arvestades eeldusainete nõudega. Meditsiiniteaduste valdkonna integreeritud õppes kehtib kursusesüsteem, kus õppeained tuleb läbida õppekavas ettenähtud järjekorras.